废水除磷工艺中，都是通过厌氧段和好氧段的交替工作达到去除磷效果。利用贮磷菌的超量吸收现象，使细胞含磷量相当高的细菌群体贮磷菌能在处理系统的基质竞争中取得优势。
发酵作用：在没有溶解氧和硝态氧存在的厌氧状态下，兼性细菌将溶解性BOD转化为低分子发酵产物挥发性脂肪酸。
磷的吸收：细菌以聚磷的形式存贮超出生长需求的磷量，通过PHB/PHV的氧化代谢产生能量，用于磷的吸收和聚磷的合成，能量以聚磷酸高能键的形式富集存贮，磷酸盐从液相去除，合成新的贮磷菌细胞，产生富磷污泥。
剩余污泥排：通过剩余污泥排放，将磷从系统中除去。
好氧吸收磷的前提条件是混合液必须经过磷的厌氧释放，在有效释放过程中，磷的厌氧释放可使微生物的好氧吸磷能力大大提高。
生物除磷典型工艺
生物除磷工艺形式多种多样，一般均含有依次排列的“厌氧——缺氧——好氧”除磷单元
主要工艺有A/O、三级A2O、改价Bardenpho、UTC工艺、SBR工艺、氧化沟工艺等等，注意除了AO工艺以为，其余均具备同时脱氮除磷的能力。
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