首先进行对膜组件进行气密性实验，气密性实验是检查膜组件是否在安装或是制作过程中存在泄露，用清水将膜池中加满水，然后按照膜丝完整性测试进行。若发现系统存在有泄压的地方，对其进行修补。
然后进行各个单机设备调试，电气控制系统进入手动操作模式，分别按下鼓风机、污水泵、真空抽吸泵、反冲泵灯设备的控制开关，检查单机设备运行是否稳定，是否有不规则的杂音，是否达到设计的性能参数以及管道系统是否畅通，在调试单机设备时应同时调节其控制阀门，将各个单机设备的流量调节至设计值。在调节单机设备时尤其应该注意鼓风机的流量，在调节风机总流量的同时应该注意观察各个膜组件的分配情况，保证各个膜组件的均匀性。
当确认所有单机设备都具备正常开启条件后进行膜组件初始产水流量的测试。清水测试前对膜组件进行空曝气，空曝气是将膜表面的一些物质冲干净。曝气一段时间后开始清水的正常运行，对产水流量及相应压力进行记录。
污水在接触膜之前应该先进行污水处理的调试，当确认污泥具有良好的状态后方可进膜池，在污泥不具有良好状态前可采用类似SBR（SBR是序列间歇式活性污泥法，是一种按间歇曝气方式来运行的活性污泥污水处理技术）的操作，采用虹吸等方式将上清液抽出。
当污泥具有良好抱团状态后可接触膜丝，此时污泥浓度可能比较低，当污泥浓度低于一定值时使生物处理时间加长，有机物去除时间相应变长，未反应的有机物吸附在膜表面造成污染。在污泥浓度过低时可通过减少膜产水量的方法产水，并对污泥进行累计。
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